Sekwencjonowanie o wysokim pokryciu 180 osób z 12 populacji afrykańskich ujawnia miliony nowych wariantów funkcjonalnych. Przodkowie ludu San oraz łowców-zbieraczy z lasów deszczowych Afryki Środkowej (RHG) oddzielili się od innych populacji ponad 200 000 lat temu. Lud San i RHG utrzymywali duże efektywne wielkości populacji. Afryka wykazuje pradawną strukturę populacyjną. Nastąpiło wiele introgresji z populacji-duchów o silnie zróżnicowanych liniach genetycznych. Przepływ genów utrzymywał się między wschodnimi i południowymi łowcami-zbieraczami z grupy Khoesan aż do około 12 000 lat temu. Widoczne są oznaki lokalnej adaptacji w zakresie koloru skóry, odpowiedzi immunologicznej, wzrostu i metabolizmu. San o jasnej karnacji są nosicielami pozytywnie selekcjonowanego wariantu PDPK1, który reguluje pigmentację poprzez aktywność wzmacniacza i ekspresję genów in vitro.