Mieszkańcy Afryki Subsaharyjskiej wykazują warunkowe widma częstotliwości loci o kształcie litery U, co wskazuje na introgresję archaiczną. Populacja archaiczna rozdzieliła się przed rozdzieleniem się neandertalczyków i współczesnych ludzi. Do introgresji doszło w okresie od 0 do 124 000 lat temu. Udział domieszki wynosi 2–19% wśród Jorubów, Esanów, Gambijczyków i Mende. Genomy Jorubów zawierają 482 megabazy sekwencji archaicznej. Genomy Mende zawierają 502 megabazy sekwencji archaicznej. Około 6,6–7% genomów Jorubów i Mende jest przypuszczalnie archaicznych. Segmenty archaiczne są bardziej zróżnicowane niż te pochodzące od neandertalczyków, denisowczyków czy Pigmejów. TMRCA segmentów archaicznych jest 1,23–1,69 razy starsza niż segmentów niearchaicznych. 33 loci u Jorubów i 37 u Mende mają segmenty archaiczne o częstotliwości ≥50%. Geny archaiczne o wysokiej częstotliwości obejmują gen supresorowy nowotworów NF1, gen MTFR2 odpowiedzialny za oddychanie mitochondrialne oraz gen HSD17B2 regulujący gospodarkę hormonalną. Geny NF1, KCNIP4 i TRPS1 wykazują wcześniejsze sygnały selekcji u Jorubów. Modele demograficzne bez introgresji archaicznej nie pasują do danych. Efektywna wielkość populacji archaicznej wynosi 22 000–28 000. Archaiczne geny prawdopodobnie utrzymywały się w Afryce do niedawna.