Współcześni ludzie oddzielili się od przodków neandertalczyków i denisowczyków 500–700 tys. lat temu. Neandertalczycy podzielili się na populacje wschodnią i zachodnią, charakteryzujące się niską różnorodnością genetyczną wynikającą z ekspansji i zastąpienia. Denisowczycy utworzyli linie północną i południową o większej różnorodności genetycznej. Główna migracja z Afryki, która miała miejsce 70–60 tys. lat temu, zapewniła wszystkim mieszkańcom spoza Afryki DNA neandertalczyków. Mieszkańcy Oceanii posiadają 2–3,5% pochodzenia denisowskiego wynikającego z domieszki wschodnioazjatyckiej. Pierwotni Eurazjaci oddzielili się przed domieszką neandertalską i rozcieńczyli ją w zachodniej Eurazji i Azji Południowej. Neandertalczycy i denisowianie krzyżowali się, tworząc hybrydy pierwszego pokolenia 50 tys. lat temu. Osoby z Sima de los Huesos sprzed 430 tys. lat były przodkami neandertalczyków, ale ich mtDNA podobne do denisowskiego zostało zastąpione przez afrykański przepływ genów. Denisowa 5 to neandertalczyk z Ałtaju, będący wynikiem chowu wsobnego rodziców będących półrodzeństwem, z 3,7% DNA wczesnych współczesnych ludzi. Denisowa 11 to hybryda denisowsko-neandertalska pierwszego pokolenia, powstała w wyniku wymiany genetycznej wśród neandertalczyków z Ałtaju. Późni neandertalczycy charakteryzują się małą liczebnością populacji, endogamią i niską heterozygotycznością. Osoby spoza Afryki wywodzą się od neandertalczyków bliższych zachodnim liniom z Vindiji niż wschodnim z Ałtaju. Pierwotni mieszkańcy Azji Wschodniej, tacy jak Tianyuan, zostali zastąpieni przez późniejsze grupy po ostatnim wielkim zlodowaceniu. Wcześni afrykańscy łowcy-zbieracze rozdzielili się 200 tys. lat temu, a Khoisanowie są nosicielami najstarszych ludzkich linii. Grupa Zlatý kůň-Ranis powstała przed rozłamem między wschodnią a zachodnią Eurazją i charakteryzowała się pokrewieństwem. Bacho Kiro IUP posiadał 3–3,8% genów neandertalczyków pochodzących z niedawnej mieszanki i powiązań z mieszkańcami Azji Wschodniej. Oase 1 posiadał 6–9% genów neandertalczyków pochodzących od przodków sprzed 4–6 pokoleń. Afrykanie z regionu subsaharyjskiego nie posiadają mieszanki genów neandertalczyków i denisowczyków, co odróżnia ich genetycznie od mieszkańców Eurazji.