Kość udowa z HST zawiera mtDNA neandertalczyka, które jest bardziej prymitywne od wszystkich znanych linii neandertalczyków. MtDNA z HST oddzieliło się od mtDNA innych neandertalczyków 270 000 lat temu (316–219 tys. lat temu). Wyznacza to dolną granicę introgresji afrykańskiego mtDNA do populacji neandertalczyków przed 270 tys. lat. Wczesni neandertalczycy, tacy jak Sima de los Huesos, mieli mtDNA podobne do denisowczyków, które zostało zastąpione przez linię afrykańską. Całkowita wymiana mtDNA jest możliwa przy minimalnej introgresji w ciągu 300 ka, jeśli Ne <5000. Różnorodność mtDNA neandertalczyków podwoiła się, w tym HST, przekraczając wcześniejsze szacunki. Średnia odległość par HST od innych neandertalczyków wynosi 104 nukleotydy, co stanowi górną granicę różnorodności współczesnych ludzi. Efektywna wielkość populacji neandertalczyków zmniejszyła się od środkowego do późnego plejstocenu. Późna populacja neandertalczyków rozrosła się przed wyginięciem. HST datowany molekularnie na 124 ka (183–62 ka), co jest zgodne z leśnym środowiskiem MIS 5. Neandertalczyk z Valdegoba dzieli mutacje z gałęzią HST, utrzymującymi się do 48 ka. Introgresja afrykańska godzi rozbieżności filogenetyczne między nDNA a mtDNA. Alternatywa: linie HST i Ałtaj przybyły niezależnie z Afryki przed 160 ka. W neandertalczyku z Ałtaju wykryto domieszkę współczesnego człowieka (0,1–2,1%) po rozdzieleniu się od innych neandertalczyków. Izotopy kolagenu HST wskazują na siedlisko leśne, w przeciwieństwie do późnych neandertalczyków. Rozdzielenie neandertalczyków i denisowczyków nastąpiło po rozdzieleniu się współczesnych ludzi 765–550 tys. lat temu. Rozdzielenie mtDNA neandertalczyków i współczesnych ludzi nastąpiło 413 tys. lat temu (468–360 tys. lat temu).