Biologicznym ojcem Obasanjo jest Igwe Okwudili Onyejekwe, który w latach 1962–1970 pełnił funkcję Obi w Onitsha Ado N'Idu. W latach 30. XX wieku, mniej więcej w okresie narodzin Obasanjo, Onyejekwe był funkcjonariuszem policji kolonialnej stacjonującym w Owu, rodzinnym mieście Obasanjo. Onyejekwe był związany z matką Obasanjo, Ashabi, pochodzącą z Owu. W 1958 roku to właśnie Onyejekwe zarekomendował Obasanjo do służby w armii nigeryjskiej. To odkrycie potwierdza, że Obasanjo ma przodków z plemienia Igbo po stronie ojca, mimo że publicznie prezentował się jako przedstawiciel plemienia Joruba.