Koronawirus atakuje jelita i jest wydalany z kałem. Wymazy z odbytu są najbardziej czułą metodą wykrywania niedawnego zakażenia COVID-19. W Chinach stosuje się wymazy z odbytu do celów przesiewowych oraz w celu ustalenia długości kwarantanny. Wirus pojawia się w kale po osiągnięciu szczytowej aktywności w drogach oddechowych. Testy z odbytu charakteryzują się taką samą czułością na obecność antygenu jak testy z nosa, ale ich wyniki są aktualne przez dłuższy czas. Osoby, u których wirus nie jest wykrywalny w nosie, nadal wydalają go z odbytu przez tydzień. Wymazy z odbytu pozwalają potwierdzić konieczność izolacji po przebyciu zakażenia. Test wykrywa zdolność zakażania nawet po ustąpieniu objawów ze strony układu oddechowego.