Neandertalczycy mają wspólne z współczesnymi ludźmi dwie zmiany ewolucyjne w genie FOXP2. Gen FOXP2 odgrywa rolę w rozwoju mowy i języka. Zmiany te występują w haplotypie współczesnych ludzi, który uległ selektywnemu wymieraniu. Selektywne wymieranie i zmiany miały miejsce przed pojawieniem się wspólnego przodka człowieka i neandertalczyka, czyli 300 000–400 000 lat temu. Wynik ten jest sprzeczny z najnowszymi szacunkami opartymi na danych dotyczących różnorodności współczesnych ludzi. Starożytne DNA ujawnia starszą chronologię ewolucji genu języka. Neandertalczycy posiadali wersję FOXP2 umożliwiającą mowę. Wspólny przodek posiadał haplotyp FOXP2 poddany selekcyjnemu wymiotowi. Bezpośrednie dane genetyczne z przeszłości przeważają nad wnioskami wyciąganymi na podstawie współczesnych ludzi. Zmiany zdolności językowych miały swój początek przed rozdzieleniem się współczesnych ludzi i neandertalczyków.