Osoby spoza Afryki posiadają 1,8–2,6% DNA neandertalczyków, przy czym mieszkańcy Azji Wschodniej mają go więcej niż Europejczycy. Australo-Melanezyjczycy posiadają do 6% DNA denisowczyków. U Afrykanów obserwuje się introgresję pochodzącą od nieznanych archaicznych przodków. Powszechna selekcja oczyszczająca usuwa większość archaicznego DNA, zwłaszcza na chromosomach płciowych i w genach jądrach. Introgresja archaiczna zmniejsza płodność mężczyzn poprzez geny komórek rozrodczych związane z mejozą. Neandertalczycy wzbogacają obszary mózgu, takie jak kora przedczołowa i prążkowie. Brak neandertalskiego pochodzenia w pobliżu genu językowego FOXP2. Współcześni ludzie posiadają wiele genów skrobiowych AMY1, w przeciwieństwie do archaicznych wersji o pojedynczej kopii podlegających selekcji pozytywnej. Allele neandertalskie hamują ekspresję w jądrach i mózgu. Introgresja adaptacyjna wspomaga odporność, pigmentację skóry, reakcję na niedotlenienie oraz rozmieszczenie tkanki tłuszczowej u osób spoza Afryki. Tybetańczycy nabyli gen EPAS1 przystosowany do życia na dużych wysokościach od denisowczyków. Warianty neandertalskie zwiększają ryzyko choroby Leśniowskiego-Crohna, celiakii i alergii u Europejczyków i Azjatów. Archaiczne allele immunologiczne wymieniają przeszłą adaptację na współczesną autoimmunizację. Warianty archaiczne o wyższej częstotliwości powodują więcej zmian w ekspresji genów podlegających selekcji pozytywnej.