Łowcy-zbieracze wykazują największą różnorodność genetyczną, przy czym ludy Khoisan przewyższają pod tym względem Pigmejów. Różnorodność genetyczna wykazuje silną korelację z odległością geograficzną w całej Afryce. Ludy Khoisan, Pigmeje, rolnicy z Afryki Subsaharyjskiej oraz mieszkańcy Afryki Północnej tworzą cztery główne klastry genetyczne. Mieszkańcy Afryki Północnej są blisko powiązani z Eurazjatami ze względu na znaczne domieszki genetyczne pochodzenia eurazjatyckiego, sięgające nawet 85%. Rolnicy z Afryki Subsaharyjskiej wymieszali się z pobliskimi łowcami-zbieraczami, takimi jak Khoisan i Pigmeje. Przodkowie Khoisan utrzymywali największe efektywne rozmiary populacji w całej historii. Przodkowie Pigmejów również utrzymywali większą populację Neandertalczyków niż osoby niebędące łowcami-zbieraczami po rozdzieleniu. Brak introgresji neandertalczyków lub denisowczyków u Afrykanów z Afryki Subsaharyjskiej. Najlepszy model pokazuje, że archaiczne DNA typu „ghost” oddzieliło się od linii AMH 528 tys. lat temu, a następnie uległo introgresji do populacji Afrykanów. Khoisan otrzymali 4,0% archaicznego DNA typu „ghost”. Pigmeje Mbuti otrzymali 4,3% archaicznego DNA typu „ghost”. Mandenka/Afrykanie zachodni otrzymują 5,8% archaicznego DNA-ducha. Sahara działa jako główna bariera genetyczna dzieląca Afrykanów północnych i subsaharyjskich. Łowcy-zbieracze są bardziej zróżnicowani, z dłuższymi odcinkami homozygotyczności wskazującymi na izolację. Ekspansja Bantu ujednoliciła genetykę rolników subsaharyjskich. Podział podstawowy ludzkości umieszcza Khoisan u korzeni z większym udziałem genów neandertalskich ze względu na klimat południowej Afryki. Archaiczne DNA-ducha jest bezpośrednio związane z linią AMH, a nie z neandertalczykami.