Złożone modele populacji macierzystej, uwzględniające rozdzielenia i połączenia, lepiej odzwierciedlają współczesną zmienność genetyczną ludzi niż modele oparte na jednej, jednolitej populacji macierzystej. Dawne różnice genetyczne powstały jeszcze przed rozdzieleniem się populacji, w wyniku wczesnego rozgałęzienia i wymiany genetycznej w Afryce. Cykle lodowcowe powodowały rozdzielenie, a następnie ponowne zbliżenie grup Homo sapiens w okresie od 1 miliona do 100 000 lat temu. Przodkowie ludów Khoe-San wywodzą się z połączenia, które miało miejsce 120 000 lat temu, po tym jak ocieplenie po zlodowaceniu spowodowało zalanie wybrzeży. Khoe-San charakteryzują się większą różnorodnością genetyczną niż wszyscy inni ludzie razem wzięci. Nama Khoe-San posiadają 15% niedawnego pochodzenia europejskiego oraz 2000-letnie pochodzenie wschodnioafrykańskie. Przodkowie z Afryki Zachodniej i Wschodniej wywodzą się z połączenia populacji macierzystych około 100 000 lat temu. Wiele populacji afrykańskich przyczyniło się do powstania Homo sapiens, który opuścił Afrykę. Afrykańskie skamieniałości o archaicznych cechach, takie jak Kabwe i Iho Eleru, prawdopodobnie nie przyczyniły się do powstania współczesnej linii rodowej. Model eliminuje potrzebę krzyżowania się wymarłych homininów w Afryce. Pochodzenie człowieka wiąże się z wieloma afrykańskimi źródłami o płynnym pochodzeniu, a nie z pojedynczą populacją.