Najbliższy wspólny przodek (MRCA) ludzkiego chromosomu Y żył w Afryce 254 tys. lat temu (192–307 tys. lat temu). Afrykańskie haplogrupy A i B odróżniają się od pozostałych na podstawie 236 markerów. Linie afrykańskie i pozaafrykańskie rozdzieliły się 68–72 tys. lat temu (52–87 tys. lat temu). 15 tys. lat temu nastąpiła przerwa, po której haplogrupy pozaafrykańskie uległy dywersyfikacji 47–52 tys. lat temu (36–62 tys. lat temu). Założyciele pozaafrykańscy pokrywają się z szybką kolonizacją Eurazji i Oceanii 50 tys. lat temu. Wiele eurazjatyckich haplogrup Y połączyło się w ciągu ostatnich 15 tys. lat po ostatnim maksimum glacjalnym. Klady Y specyficzne dla regionów skupiły się 4–8 tys. lat temu. Ameryki zostały zasiedlone około 15 tys. lat temu, zgodnie z dywergencjami Y. Efektywna wielkość populacji mężczyzn (Ne) wynosiła konsekwentnie połowę lub mniej Ne kobiet. Globalna Ne Y gwałtownie spadła 8–4 tys. lat temu, podczas gdy Ne kobiet wzrosła 17-krotnie. Spadek Ne u mężczyzn zbiega się w czasie z rozprzestrzenianiem się neolitu i zmianami społecznymi. Zmiany kulturowe zwiększyły zmienność reprodukcyjną mężczyzn poprzez poligynię lub podboje. Spadki Ne u mężczyzn pokrywają się z harmonogramem uprawiania roli: najwcześniej na Bliskim Wschodzie, następnie w Azji, a najpóźniej w Europie. Wyniki Y nie pasują do selekcji – sprzyjają kulturowemu dziedziczeniu sprawności. Ne autosomalne powinno odzwierciedlać niskie Ne u mężczyzn zgodnie z modelami. Sekwencjonowanie całego chromosomu Y najlepiej wyjaśnia historię ojcowską człowieka.