W populacjach ludzkich odnotowano 13,7% starożytnych SNV, które w różnych modelach wykazują wyniki przekraczające oczekiwania neutralne. Starożytne delecje stanowią 8,8% polimorfizmów i powstały przed rozdzieleniem się linii ludzkiej i archaicznej, które miało miejsce 700 tys. lat temu. Starożytne delecje wykazują wyższe wyniki selekcji równoważącej (stdβ2) niż delecje nie-starożytne w populacjach YRI, CEU i CHB. Powszechne starożytne delecje wykazują 4,2-krotne wzbogacenie pod względem cech eksonowych oraz cech powiązanych z badaniami GWAS. Starożytne delecje są 12,5-krotnie wzbogacone o cechy zapalne, a 2,8-krotnie o cechy metaboliczne. Delecje są bardziej szkodliwe niż SNV i są szybciej eliminowane przez selekcję negatywną. Mediana wieku starożytnych delecji wynosi 1 milion lat, a 15% z nich ma ponad 2 miliony lat. Naddominacja jest rzadka – o ich utrzymywanie się dba zmienna selekcja przestrzenna/czasowa. Starożytne delecje powodują utratę całych genów w rodzinach genów odpornościowych/metabolicznych, takich jak LCE3, UGT2B. Starożytne delecje zmieniają ekspresję HLA oraz izoformy w GHR, SIRPB1, CYP3A43. Najdłuższe starożytne delecje występują nadmiernie pomimo selekcji negatywnej, co czyni je głównymi celami selekcji równoważącej. 50% funkcjonalnych delecji eksonowych z badań GWAS ma charakter starożytny. Starożytne polimorfizmy są wspólne dla populacji YRI, CEU i CHB, niezależnie od rasy. Selekcja równoważąca jest niedoceniana w kontekście powszechnej zmienności ludzkiej.