W Göbekli Tepe znaleziono 691 fragmentów kości ludzkich, głównie z czaszek, co wskazuje na celowy dobór czaszek. Trzy czaszki dorosłych osób noszą ślady celowych modyfikacji dokonanych po śmierci, w tym głębokie nacięcia w płaszczyźnie strzałkowej wykonane narzędziami kamiennymi. Nacięcia osiągają głębokość 0,2–4,0 mm i powstały w wyniku wielu precyzyjnych cięć niezwiązanych z usuwaniem tkanki mięśniowej ani skalpowaniem. Jedna z czaszek posiada otwór wywiercony w celu zawieszenia lub dekoracji. Na jednej z czaszek znalezionych w skupisku ochry naniesiono ochrę, co wskazuje na status rytualny. Modyfikacje wykonano w okresie okołopśmiertnym na elastycznej kości bez śladów gojenia. Czaszki stanowią 15% dorosłych osobników spełniających kryteria kultu czaszek w kontekście rytualnym. Miejsce to charakteryzuje się monumentalnymi budowlami i rzeźbami przedstawiającymi odcięte głowy, co potwierdza kult czaszek. Rzeźby prawdopodobnie służyły do znakowania osób lub stabilizowały czaszki w celu ekspozycji za pomocą sznurów. Nie ma podobnych przypadków w innych stanowiskach z okresu PPN ani w zapisach etnograficznych. Ślady cięć po usuwaniu mięsa na 9,8% fragmentów czaszek oraz ślady po ścięciu na kręgach szyjnych. Kości ludzkie rozdrobnione w zasypce w wyniku procesów formowania stanowiska. Czaszki z różnych wykopów na całym tellu. Zabiegi te były prawdopodobnie częścią wtórnych obrzędów pogrzebowych w centrum rytualnym. Wyjątkowe osoby podkreślano poprzez ekspozycję w monumentalnych budowlach.