Próbki pochodzące ze Środkowego Egiptu obejmują okres 1300 lat, od Nowego Państwa do okresu rzymskiego. Przeanalizowano 90 genomów mitochondrialnych oraz dane dotyczące całego genomu pochodzące od trzech mumii. Starożytni Egipcjanie tworzą genetyczną grupę wraz z mieszkańcami Bliskiego Wschodu. Współcześni Egipcjanie wykazują dodatkowe pochodzenie z Afryki Subsaharyjskiej. Domieszka genetyczna z Afryki Subsaharyjskiej u Egipcjan nastąpiła po czasach starożytnych. Zagraniczne panowania w pierwszym tysiącleciu p.n.e. spowodowały wzrost liczby obcokrajowców, jednak starożytne DNA wskazuje na ciągłość genetyczną z Bliskim Wschodem. Starożytne mumie dostarczają informacji o historii genetycznej Egiptu na poziomie całego genomu. Szczegółowo przeanalizowano haplogrupy mitochondrialne. Analiza głównych składowych umieszcza starożytnych Egipcjan wśród populacji Bliskiego Wschodu. Wspólna dryf genetyczny potwierdza mniejszy wpływ populacji subsaharyjskich na starożytnych. Współcześni Egipcjanie odróżniają się dzięki niedawnemu przepływowi genów z Afryki. Położenie Egiptu sprzyjało interakcjom z Afryką, Azją i Europą. Starożytni Egipcjanie nie są genetycznie podobni do dzisiejszej populacji z domieszką genów subsaharyjskich.