Haplotypy H2 wykazują niejednolity rozkład w Afryce. U mieszkańców Afryki Północnej obserwuje się wyższą częstotliwość odwróconych podtypów H2 niż u mieszkańców Afryki Subsaharyjskiej. Chromosomy H2 mieszkańców Afryki Północnej są genetycznie bliższe chromosomom osób spoza Afryki. Potwierdza to tezę, że mieszkańcy Afryki Północnej oddzielili się od grup spoza Afryki w niedawnej przeszłości. Rodzina H2 wykazuje większą różnorodność niż wcześniej sądzono. Różnorodność ta osłabia dowody na silny selektywny zmiat we wszystkich odwróconych chromosomach. Locus ten ma złożoną historię ewolucyjną. Grupy z regionu subsaharyjskiego charakteryzują się niższą częstotliwością występowania odwróconych podtypów. Stratyfikacja populacji ujawnia wyraźne podtypy H2 w poszczególnych regionach. Analiza filogenetyczna łączy H2 mieszkańców Afryki Północnej z populacjami pozaafrykańskimi.