Ramzes III należał do haplogrupy Y-DNA E1b1a, występującej głównie w Afryce Zachodniej, Środkowej, Południowo-Zachodniej i Południowo-Wschodniej. Dodatkowe badania sugerują, że jego szczątki mogą należeć do haplogrupy Y-DNA E1b1b, która wyodrębniła się z E1b1a. Haplogrupa E1b1b jest obecnie powszechna w regionie Lewantu, Afryki Północnej oraz Doliny Ryftu. Ramzes III był drugim faraonem z XX dynastii i ostatnim wielkim królem Nowego Państwa, posiadającym znaczną władzę. Badanie opublikowane w grudniu 2012 roku potwierdziło jego haplogrupę. E1b1a wskazuje na pochodzenie ojcowskie starożytnego egipskiego faraona z Afryki Subsaharyjskiej. Rozkład haplogrupy E1b1b wskazuje alternatywnie na pochodzenie ojcowskie z Afryki Północnej i Bliskiego Wschodu. Haplogrupy wskazują na genetyczne powiązania między starożytnym Egiptem a populacjami afrykańskimi.