NCBI wykryło luki w zabezpieczeniach, które wymusiły natychmiastowe zamknięcie projektu HapMap. W ciągu ostatnich pięciu lat popularność HapMap gwałtownie spadła. Projekt 1000 Genomes stał się standardem w genetyce populacyjnej. HapMap posłużył jako punkt wyjścia do odkrycia milionów SNP na potrzeby badań GWAS. Zarchiwizowane dane HapMap pozostają dostępne na serwerze FTP. Nowe warianty z projektu 1000 Genomes przyćmiły przydatność HapMap. Projekt HapMap stracił impet badawczy.