Przodkowie neandertalczyków krzyżowali się z superarchaikami, którzy oddzielili się od nich 2 miliony lat temu, około 700 000 lat temu w Eurazji. Superarchaikami byli prawdopodobnie przedstawiciele gatunku Homo erectus z pierwszej fali migracji z Afryki, która miała miejsce 2 miliony lat temu. Denisowianie posiadają 1% DNA odległego przodka podobnego do Homo erectus, którego 15% przeniknęło do współczesnych ludzi. Neandertalczycy posiadają 3% DNA starożytnych ludzi sprzed 200 000–300 000 lat. Mieszkańcy Afryki Zachodniej mają 2–19% pochodzenia od archaicznej grupy, która oddzieliła się 360 000–1,02 mln lat temu, a introgresja nastąpiła 0–124 000 lat temu. Ludzie z plemion Joruba i Mende wykazują segmenty archaiczne o wysokiej częstotliwości w genie supresorowym nowotworów NF1, genie hormonalnym HSD17B2 oraz genach selekcyjnych KCNIP4 i TRPS1. Afrykanie posiadają 0,3% DNA neandertalczyków pochodzącego z migracji powrotnej z Eurazji, co stanowi wartość wyższą niż wcześniejsze szacunki. Ludzie spoza Afryki dzielą pochodzenie neandertalskie wynikające z pojedynczego wydarzenia po wyjściu z Afryki, przy czym mieszkańcy Azji Wschodniej mają tylko o 8% więcej niż Europejczycy. Współcześni ludzie krzyżowali się z neandertalczykami w obie strony około 200 000 lat temu. Trzy fale migracji do Eurazji: superarchaicy 2 mln lat temu, neandertalczycy 700 tys. lat temu, współcześni ludzie 50 tys. lat temu. Sygnały „duchów” najsilniejsze u Khoisanów i pigmejów z Afryki Środkowej. Archaiczne allele u Afrykanów wspomagają hamowanie nowotworów i regulację hormonalną. Krzyżowanie się gatunków miało miejsce pomimo ponad milionowej rozbieżności czasowej, izolacja reprodukcyjna przebiegała wolniej niż oczekiwano.