Szkielet pozaczaszkowy człowieka uległ wyszczupleniu w porównaniu z naczelnymi i neandertalczykami. Gen LRP5 reguluje gęstość mineralną kości poprzez szlak Wnt. Selekcja pozytywna w odniesieniu do genu LRP5 u mieszkańców Afryki Subsaharyjskiej i Azji Południowo-Wschodniej. W populacjach pozaafrykańskich występuje większa częstość alleli związanych z niską gęstością mineralną kości w porównaniu z mieszkańcami Afryki Subsaharyjskiej. Introgresja archaiczna w genie LRP5 jest minimalna, z wyjątkiem trzech haplotypów wschodnioazjatyckich. Region LRP5 pozbawiony introgresji neandertalskiej u Europejczyków. Mutacje współczesnego człowieka występują w bardziej zachowanych regionach genomowych niż mutacje archaiczne. Archaiczni podlegali silniejszej selekcji oczyszczającej, a współcześni – łagodniejszej selekcji w odniesieniu do LRP5. Zidentyfikowano pięć archaicznych mutacji missense w pierwszym β-propellerze LRP5. Cztery archaiczne mutacje wzmacniają aktywację szlaku Wnt w porównaniu z typem dzikim. Dwie archaiczne mutacje są odporne na hamowanie przez DKK1, podobnie jak mutacje ludzkiego HBM. Archaiczna mutacja p.A67V wzmacnia szlak Wnt 1,78-krotnie. Archaiczna mutacja p.R186Q wzmacnia szlak Wnt 1,55-krotnie. Zmiany stabilności białka w wariantach archaicznych odpowiadają mutacjom ludzkiego HBM. Czynniki genetyczne przyczyniają się do słabszej budowy szkieletu współczesnego człowieka w porównaniu z solidną budową szkieletu archaicznego.