2762 indyjskie genomy obejmują większość regionów, języków, plemion i kast. Większość Hindusów wywodzi się z trzech źródeł pochodzenia: rolników o korzeniach irańskich, pasterzy ze stepów euroazjatyckich oraz łowców-zbieraczy z Azji Południowej. Pochodzenie związane z Iranem sięga neolitycznych kultur Azji Środkowej, wspólnych dla przodków Hindusów z południa, północy, Austroazjatów oraz grup związanych z Azją Wschodnią. Po okresie mieszania się populacji Indie przeszły na endogamię, co spowodowało wysoką homozygotyczność i wspólne dziedziczenie cech. Hindusi posiadają 1–2% pochodzenia od archaicznych homininów, w tym neandertalczyków i denisowczyków. Genomy Hindusów zawierają 1,5 Gb (50%) introgresji genomu neandertalczyka, co stanowi najwyższy odzysk w historii. W genomach Hindusów wykryto 0,6 Gb (20%) introgresji genomu denisowczyków. Hindusi wykazują największą na świecie zmienność w pochodzeniu neandertalskim. Hindusi mają najwyższy odsetek segmentów neandertalskich specyficznych dla populacji spośród grup na całym świecie. Większość zmienności genetycznej Hindusów wynika z pojedynczej migracji z Afryki, która miała miejsce 50 000 lat temu. Wkład wcześniejszych fal migracyjnych do Indii jest minimalny.