Większość Hindusów posiada mieszane pochodzenie związane z populacjami irańskimi, stepowymi oraz grupą AHG. Pochodzenie irańskich rolników wywodzi się z wczesnego neolitu w Azji Środkowej i jest wspólne dla grup ANI, ASI, austroazjatyckich oraz grup związanych z Azją Wschodnią sprzed przybycia ludów stepowych. Endogamia spowodowała rozległą homozygotyczność i wspólne dziedziczenie genów (IBD) w całych Indiach. Hindusi mają średnio 29 cm segmentów HBD, co znacznie przewyższa wyniki Europejczyków, mieszkańców Azji Wschodniej i Afrykanów. Mieszkańcy południowych Indii wykazują najwyższą homozygotyczność wynikającą z pokrewieństwa i zjawiska założycielskiego. 51% Hindusów dzieli IBD z kuzynami trzeciego stopnia lub bliższymi. Pochodzenie AHG jest najwyższe na południu, wśród osób posługujących się językami drawidyjskimi, w kastach zarejestrowanych, plemionach i OBC. Hindusi posiadają 1–2% archaicznego pochodzenia, co pozwala na rekonstrukcję 1,5 Gb genomów neandertalczyków i 0,6 Gb genomów denisowczyków, które uległy introgresji. Hindusi mają największą na świecie zmienność pochodzenia neandertalczyków i najwięcej segmentów neandertalczyków specyficznych dla tej populacji. 90,7% światowych sekwencji neandertalczyków występuje u Hindusów. 51% sekwencji denisowczyków jest unikalne dla Hindusów. Archaiczne pochodzenie koreluje pozytywnie z udziałem AHG. Brak dowodów na wkład pochodzenia z okresu sprzed 50 000 lat z Afryki do współczesnych Hindusów. Minimalna koalescencja z Afrykanami z regionu subsaharyjskiego miała miejsce 54 000 lat temu. Regiony o wysokiej częstotliwości archaicznych genów wzbogacają szlaki immunologiczne. Haplotypy neandertalskie wiążą się z wyższą podatnością na COVID we wschodnich Indiach. Zjawiska założycielskie zwiększają liczbę homozygotycznych wariantów szkodliwych i ryzyko chorób recesywnych.