U Papuasów stwierdzono introgresję denisowską o wysokim stopniu pewności wynoszącą 32,3 Mb na genom haploidalny, w porównaniu z 0,7 Mb u Eurazjatów. Dwie populacje denisowskie, D1 i D2, oddzieliły się od denisowców z Ałtaju odpowiednio 283 tys. lat temu i 363 tys. lat temu. Introgresja D1 i D2 do populacji papuaskich miała miejsce odpowiednio 30 tys. lat temu i 46 tys. lat temu. Introgresja D1 ograniczała się do kontynentalnej części Nowej Gwinei, a u mieszkańców wyspy Baining była mniejsza, mimo wspólnej historii. Różnica w poziomach D1 przekracza oczekiwania związane z dryfem genetycznym, co potwierdza odrębne introgresje po rozdzieleniu się populacji papuaskich. Denisowianie pokonali bariery morskie, w tym linię Wallace'a, aby dotrzeć do Nowej Gwinei. Denisowianie z linii D1 przetrwali co najmniej do 30 tys. lat temu, przeżywając neandertalczyków. Mieszkańcy Azji Wschodniej są nosicielami odrębnej linii denisowskiej D0 powiązanej z Ałtajem. Geny denisowskie u Papuasów wzbogacają odporność, mięśnie gładkie i adipogenezę. Haplotypy denisowskie o wysokiej częstotliwości obejmują TNFAIP3, WARS2, FAM178B oraz nowe TMPO, IKBIP, APAF1 i WDFY2. Wariant denisowski WDFY2 wspomaga adipogenezę i wychwyt glukozy. Sygnały selekcyjne dotyczące genów denisowskich, takich jak TNFAIP3, WDFY2, FASN, FADS1, FADS2 i AGL, występują u Papuasów. Papuasi wykazują nadmierny sygnał archaicznego S*, co sugeruje nieznaną domieszkę homininów. Rampasasa w pobliżu stanowiska H. floresiensis wykazuje normalne poziomy denisowskie. Denisowianie utworzyli trzy gałęzie geograficzne rozciągające się od Azji po Oceanię.