Skamieniałości z regionu ISEA wskazują, że superarchaiczne gatunki H. luzonensis i H. floresiensis występowały już ponad 50 000 lat temu, kiedy pojawili się współcześni ludzie. Współczesne populacje z regionu ISEA wykazują wyraźne denisowskie pochodzenie genomowe wynikające z dawnych krzyżówek. Analiza ponad 400 współczesnych genomów, w tym 200 z regionu ISEA, potwierdza powszechne introgresję denisowską. W żadnym z genomów nie wykryto istotnych śladów domieszki superarchaicznej. Endemiczne skamieniałości superarchaiczne z regionu ISEA są niezgodne z genetycznymi zapisami współczesnych ludzi. Denisowianie są genetycznie obecni w regionie ISEA, mimo braku lokalnych skamieniałości. Linia superarchaiczna nie wniosła znaczącego wkładu do współczesnych ludzi z regionu ISEA. W niektórych grupach z regionu ISEA widoczne są liczne fale domieszki genetycznej denisowian. Negrito i Papuasi wykazują głębokie rozbieżności genetyczne z denisowianami. Rozbieżność między skamieniałościami a danymi genetycznymi wymaga ponownej oceny historii homininów z regionu ISEA.