Wszystkie próbki z Andamanów zawierają azjatycką haplogrupę mtDNA M, co wyklucza pochodzenie afrykańskie. Podobieństwa fenotypowe do afrykańskich pigmejów wynikają z konwergencji, a nie ze wspólnego pochodzenia. Starożytne DNA dzieli się na starszą linię M2 i młodszą linię M4. Linia M2 wywodzi się sprzed 63 000 lat, co wskazuje na wczesną kolonizację południowej Azji. Nowe haplotypy M2 wyewoluowały na miejscu po osiedleniu się. Linia M4 jest zgodna z ekspansjami z późnego plejstocenu. Dane potwierdzają dwa wydarzenia założycielskie lub długotrwałą substrukturę. Mieszkańcy Andamanów byli odizolowani przez tysiąclecia, bez niedawnego domieszki genetycznej. Grupy językowe nie wykazują wyraźnego powiązania z haplotypami mtDNA. Wysoka częstotliwość M2 w indyjskich grupach etnicznych wskazuje na wczesnych autochtonicznych osadników. Populacje Negrito reprezentują starożytną azjatycką substrukturę, poprzedzającą późniejsze migracje. Kolekcje z epoki wiktoriańskiej umożliwiają badanie genetyki obecnie wymarłych grup. Wcześni ludzie dotarli na Wyspy Andamańskie pod koniec plejstocenu trasą południową. Dowody genetyczne pokrywają się z izolacją społeczną, kulturową i językową. Klin M w Indiach potwierdza południową ścieżkę kolonizacji.