Nowy zbiór danych 161 genomów obejmujący niedostatecznie zbadany region Indonezji i Nowej Gwinei. Denisowianie introgresujący obejmują co najmniej trzy genetycznie zróżnicowane grupy. Papuasi noszą haplotypy z dwóch grup Denisowian, z których jedna jest unikalna dla Oceanii. Pewna introgresja Denisowian miała miejsce niedawno i prawdopodobnie miała miejsce na Nowej Gwinei lub Wallacei. Znane są sekwencje genomów dwóch archaicznych hominidów – neandertalczyków i Denisowian – które krzyżowały się z anatomicznie współczesnymi ludźmi podczas rozprzestrzeniania się z Afryki. Zidentyfikowaliśmy archaiczne haplotypy o wysokiej wiarygodności w 161 nowych genomach obejmujących 14 grup wyspiarskich w Azji Południowo-Wschodniej i Nowej Gwinei i znaleźliśmy duże fragmenty DNA, które są niezgodne z pojedynczym introgresywnym pochodzeniem Denisowian. Zamiast tego, współcześni Papuasi noszą setki wariantów genów z dwóch głęboko zróżnicowanych linii Denisowian, które rozdzieliły się ponad 350 tysięcy lat temu. Struktura przestrzenna i czasowa tych linii rozwojowych sugeruje, że introgresja z jednej z tych grup denisowian miała miejsce głównie na wschód od linii Wallace'a i trwała niemal do końca plejstocenu. Trzecia linia denisowian występuje u współczesnych mieszkańców Azji Wschodniej. Ta regionalna mozaika sugeruje znaczną złożoność kontaktów archaicznych, w których współcześni ludzie krzyżowali się z wieloma grupami denisowian, które były geograficznie odizolowane od siebie w długim okresie ewolucyjnym.