Najbardziej zagadkową częścią tego odkrycia było to, że chłopiec nie wykazywał wyraźnych pokrewieństwa z populacjami Azji Wschodniej, takimi jak Chińczycy, Koreańczycy czy Japończycy. Dzisiejsi rdzenni Amerykanie są najbliżej spokrewnieni z mieszkańcami Azji Wschodniej, więc naukowcy musieli ustalić, w jaki sposób chłopiec z Mal'ty mógł być spokrewniony z rdzennymi Amerykanami, ale nie z mieszkańcami Azji Wschodniej. Naukowcy zmapowali genom czteroletniego chłopca, który zmarł w południowo-środkowej Syberii 24 000 lat temu. „Kiedy zsekwencjonowaliśmy ten genom, pojawiło się coś dziwnego” – wyjaśnił. „Części genomu, które dziś można znaleźć u mieszkańców zachodniej części Europy, inne części genomu, które dziś można znaleźć u rdzennych Amerykanów – i które są dziś unikalne dla rdzennych Amerykanów”. DNA z chromosomu Y chłopca i z mitochondriów (baterie komórkowe) było tego samego typu, co DNA występujące obecnie w regionie obejmującym Europę, Azję Zachodnią i Południową oraz Afrykę Północną, ale rzadkie lub nieobecne w Azji Środkowej, Wschodniej i obu Amerykach. Naukowcy szacują, że 14–38% przodków rdzennych Amerykanów wywodzi się z populacji podobnej do tej, która żyła na Malcie 24 000 lat temu.