Badanie analizuje pełne sekwencje chromosomu Y 345 japońskich mężczyzn w celu zrekonstruowania historii populacji Japonii w okresie Jomon (14 500–2 300 lat temu). Zidentyfikowano klad 1 – unikalną linię Y-DNA (haplogrupa D1b), obecną wyłącznie u Japończyków i nieobecną u kontynentalnych Azjatów. Stanowi ona 35,4% współczesnych Japończyków z głównej wyspy, a symulacje wskazują, że około 70% mężczyzn Jomon należało do tej grupy. Wykresy Bayesian Skyline Plot wykazały wzrost liczby mężczyzn z kladu 1 od początku okresu Jomon, po czym nastąpił znaczny spadek populacji około 3 200 lat temu – zbieżny z ochłodzeniem klimatu i obniżeniem poziomu morza. To mogło spowodować niedobory żywności u łowiecko-zbierackich społeczności Jomon. Po rozpoczęciu okresu Yayoi (2 300 lat temu), kiedy przybysze z kontynentu wprowadzili uprawę ryżu, populacja zaczęła się odradzać. Kontrastowo, u potomków imigrantów Yayoi (klad 3, haplogrupa O2) nie zaobserwowano takiego załamania demograficznego. Badanie potwierdza model "dual structure", zakładający zmieszanie autochtonicznych Jomon i imigrantów Yayoi jako źródło współczesnej populacji japońskiej. Wyniki dostarczają genetycznego dowodu na kryzys demograficzny w późnym okresie Jomon oraz jego odbudowę dzięki przejściu na rolnictwo. Dodatkowo, analiza mitochondrialnego DNA (dziedziczonego w linii żeńskiej) nie wykazała odrębnego kladu, co może sugerować odmienną historię demograficzną kobiet.