Badanie „50,000 years of Evolutionary History of India” opiera się na analizie 2 762 pełnych genomów wysokiej jakości z Indii, reprezentujących szerokie spektrum geograficzne, językowe i kastowe. Stanowi ono najbardziej kompleksową analizę genetyczną populacji indyjskiej do tej pory. 1. Struktura genetyczna i pochodzenie populacji Indii: Zidentyfikowano trzy główne komponenty przodków współczesnych Indusów: Ancestral South Indians (ASI) – zbliżeni genetycznie do autochtonicznych łowców-zbieraczy Azji Południowej, powiązani z andamańskimi Negrytami (AHG), Ancestral North Indians (ANI) – zawierający komponenty od starożytnych rolników irańskich (Sarazm_EN) oraz pasterzy ze stepów Eurazji (Central_Steppe_MLBA), komponenty austroazjatyckie i wschodnioazjatyckie, szczególnie w Indiach wschodnich i północno-wschodnich (np. Bengal, Assam), wynikające z migracji ok. 520 r. n.e. Dla większości populacji model trójskładnikowy (AHG + Sarazm_EN + Steppe) dobrze odzwierciedla strukturę genetyczną, przy czym występują silne korelacje między przynależnością językową i kastową a udziałem komponentów przodków. 2. Zdarzenia założycielskie i inbred: Populacje indyjskie wykazują bardzo wysoki poziom homozygotycznych segmentów (HBD), szczególnie w południowych Indiach, co wynika zarówno z historycznych zdarzeń założycielskich, jak i praktyk endogamicznych. Średnia długość segmentów HBD (~29 cM) jest kilkakrotnie wyższa niż w Europie czy Afryce. Około połowa badanych miała genetycznego krewnego na poziomie kuzyna III stopnia lub bliższego w obrębie próby. 3. Warianty genetyczne i obciążenie mutacyjne: Zidentyfikowano 24 mln nowych SNV i 2,2 mln nowych indeli, z czego większość to warianty rzadkie. Osoby badane niosły średnio ~10 344 mutacje nonsensowne i ~67 strat funkcji (pLoF), głównie jako pojedyncze allele. Zidentyfikowano kilka znanych patogennych wariantów (np. w genie BHCE), które lokalnie osiągają wysokie częstotliwości z powodu dryfu genetycznego w zamkniętych społecznościach (np. Vysya). 4. Introgresja archaiczna: Indusi mają średnio 2,07% DNA pochodzenia archaicznego (Neandertalczycy ~1,48%, Denisowianie ~0,14%). Co ważne: Około 1 524 Mb neandertalskiego i 591 Mb denisowiańskiego DNA zrekonstruowano ze współczesnych genomów indyjskich – to więcej niż w jakimkolwiek wcześniejszym badaniu. Około 11,7% sekwencji neandertalskich i 51% denisowiańskich to unikalne regiony występujące tylko w Indiach. Denisowiańska introgresja prawdopodobnie pochodzi z dwóch pulów: jedna blisko spokrewniona z Altajskim Denisowianinem, druga od bardziej odległej populacji. 5. Funkcjonalna rola archaicznego DNA: Odnaleziono liczne regiony o wysokiej częstości archaicznych wariantów, zwłaszcza w genach związanych z układem odpornościowym (np. BTNL2, TRIM26). Uwagę zwraca także wysoka częstość neandertalskich haplotypów powiązanych z ryzykiem ciężkiego przebiegu COVID-19 (chromosom 3). Zidentyfikowano także „pustynie archaiczne” (archaic deserts), w tym regiony obejmujące FOXP2 – gen związany z mową. 6. Czas migracji z Afryki: Szacowana minimalna koalescencja genetyczna między Indusami a populacjami subsaharyjskimi wynosi ~53 932 lata, co potwierdza, że przodkowie współczesnych Indusów przybyli do Azji w ramach jednej głównej migracji „out-of-Africa” ok. 50 tys. lat temu. Wkład wcześniejszych migracji (np. sprzed erupcji Toba 74 ka) nie przekracza 3%. Wnioski: Indie są kluczowym obszarem dla badań nad ludzką ewolucją. Populacje indyjskie wykazują największe zróżnicowanie archaicznego DNA na świecie, unikalne komponenty genetyczne oraz silne piętno historycznych izolacji i struktury społecznej. Badanie to dowodzi, jak istotne są reprezentatywne dane genetyczne z regionów pozaeuropejskich dla globalnych analiz ewolucyjnych.