Badania genetyczne sugerują istnienie hybrydyzacji między różnymi gatunkami hominidów w Afryce około 35 000 lat temu, co wpłynęło na ewolucję człowieka. Analiza mtDNA i numt wykazała głębokie podziały linii mtDNA u hominidów w środkowym plejstocenie, sugerując strukturę genetyczną i przepływ genów między nimi. Afryka demonstruje złożony proces ewolucji homininów z serią adaptacyjnych radiacji trwających kilka milionów lat, które doprowadziły do ​​powstania różnych form morfologicznych. Niedawno Hammer i in. (2011) oraz Harvati i in. (2011) dostarczyli zintegrowanych dowodów morfologicznych i genetycznych na krzyżowanie się współczesnych ludzi z nieznanymi archaicznymi homininami w Afryce zaledwie 35 000 lat temu. Jednak dowody genetyczne na hybrydyzację między liniami hominina w dolnym i środkowym plejstocenie są nieznane, a bezpośrednie pobranie DNA z wymarłych linii afrykańskich homininach pozostaje nieuchwytne. Dostępność sekwencji genomu jądrowego i mitochondrialnego współczesnych ludzi, neandertalczyków i denisowian pozwala na zebranie sekwencji DNA jądrowego pochodzenia mitochondrialnego (numts) wstawionych do genomu jądrowego przodków linii hominina i wyciągnięcie wniosków na temat ewolucji hominina w odległej przeszłości. Analiza mtDNA i numt ujawniła głęboki podział linii mtDNA, które istniały u afrykańskich homininów w środkowym plejstocenie. Pierwszy klaster obejmował ludzkie i neandertalskie sekwencje mtDNA, podczas gdy drugi składał się z sekwencji DNA, które są znane dzisiaj jako mtAncestor-1, skamieniałość jądrowa mtDNA i Denisova mtDNA wyizolowane z kości i zęba znalezionego w południowej Syberii. Dwie grupy początkowo rozeszły się 610 000-1 110 000 lat temu. Około 220 000 lat po pierwotnym podziale linie mtDNA Denisova - mtAncestor-1 zmieszały się z pulą mtDNA populacji przodków neandertalczyków i współczesnych ludzi. Ta domieszka po głębokim podziale jest wykazana przez transpozycję sekwencji mtDNA podobnej do Denisova do genomu jądrowego przodka neandertalczyków i współczesnych ludzi. Odkrycie to sugeruje matrylinearną strukturę genetyczną wśród homininów środkowoplejstoceńskich, a także istnienie przepływu genów między liniami afrykańskich homininów. Poprzez analizy paleogenomiczne nie można wykluczyć teorii, że struktura populacji i przepływ genów u afrykańskich homininów wpłynęły na wzór domieszek obserwowany w genomach jądrowych osób niebędących Afrykanami.