Badanie genetyczne populacji Północnej Afryki wykazało złożoną historię migracji z Bliskiego Wschodu, Europy i Afryki subsaharyjskiej. Odkryto autochtoniczną maghrebską dziedziczność oraz wspólną dziedziczność z Bliskim Wschodem, Europą i Afryką subsaharyjską. Migracje z zachodniej Afryki do Maroka i z ludów Nilotycznych do Egiptu datowane są na około 1200 i 750 lat temu. Populacje Afryki Północnej różnią się od populacji Afryki Subsaharyjskiej pod względem cech kulturowych, językowych i fenotypowych: jednak czas i zakres dywergencji genetycznej między populacjami na północ i południe od Sahary pozostają słabo poznane. Tutaj badamy wielowarstwową historię Afryki Północnej, charakteryzując wpływ hipotetycznych migracji z Bliskiego Wschodu, Europy i Afryki Subsaharyjskiej na obecną różnorodność genetyczną. Przedstawiamy gęste dane z macierzy genotypowania SNP w całym genomie (730 000 miejsc) z siedmiu populacji Afryki Północnej, rozciągających się od Egiptu do Maroka, i jednej populacji hiszpańskiej. Identyfikujemy gradient prawdopodobnego autochtonicznego pochodzenia Maghrebu, który wzrasta ze wschodu na zachód w całej Afryce Północnej: pochodzenie to prawdopodobnie pochodzi z przepływu genów „z powrotem do Afryki” ponad 12 000 lat temu (ya), przed holocenem. Rdzenne pochodzenie Afryki Północnej jest częstsze w populacjach o historycznym pochodzeniu etnicznym Berberów. W większości populacji Afryki Północnej widzimy również znaczące wspólne pochodzenie z Bliskim Wschodem, a w mniejszym stopniu z Afryką Subsaharyjską i Europą. Aby oszacować czas migracji populacji Afryki Subsaharyjskiej do Afryki Północnej, wdrażamy metodę datowania maksymalnego prawdopodobieństwa opartą na rozmieszczeniu szlaków migracyjnych. Aby najpierw zidentyfikować szlaki migracyjne, przypisujemy lokalne pochodzenie do haplotypów, korzystając z nowej analizy opartej na głównych składnikach trzech populacji przodków. Szacujemy, że migracja osób o zachodnioafrykańskim pochodzeniu do Maroka rozpoczęła się około 40 pokoleń temu (około 1200 lat temu): migracja osób o pochodzeniu nilotycznym do Egiptu miała miejsce około 25 pokoleń temu (około 750 lat temu). Nasze dane genomiczne ujawniają niezwykle złożoną historię migracji, obejmującą co najmniej pięć populacji przodków, do Afryki Północnej.