Napięcia etniczne między Lendu i Hema były główną przyczyną konfliktu w Ituri (1999-2003), który doprowadził do upadku kontroli państwowej w regionie i ludobójczej przemocy. Było to częściowo spowodowane demokratyzacją reżimu Mobutu, która umożliwiła wyłonienie się elity Lendu, zanim upadła ona całkowicie podczas I wojny w Kongo (1996-97). Jednak ludobójstwo w Rwandzie było również istotne, ponieważ podział między Tutsi i Hutu był powszechnie przerzucany na Hema i Lendu przez obie strony. Podczas II wojny w Kongo powszechnie uważano, że Hema współpracowała z ugandyjskimi okupantami, a konflikt w Ituri został wywołany przez ustanowienie przez ugandyjskie wojsko gubernatora prowincji Hema w Ituri. Utworzono etniczne milicje i wysłano siły pokojowe ONZ i Unii Europejskiej. W rezultacie konfliktu wspierana przez Hemę Unia Patriotów Kongijskich (Union des Patriotes congolais, UPC) walczyła z wspieranym przez Lendu Frontem Nacjonalistycznym i Integracyjnym (Front des Nationalistes et Intégrationnistes, FNI) oraz różnymi mniejszymi grupami. Sporadyczne walki trwały od 1999 roku. W walki zaangażowała się również Uganda, którą zaostrzyła obecność znacznych złóż złota w Ituri.