Mezolityczni łowcy-zbieracze zostali oddzieleni ogromną przepaścią genomową rozciągającą się od Morza Czarnego po Morze Bałtyckie, charakteryzującą się silnym zróżnicowaniem w osi wschód-zachód. Na zachodzie doszło w neolicie do niemal całkowitego zastąpienia ludów łowiecko-zbierackich przez rolników z Anatolii. Na wschodzie zachowało się czyste lokalne pochodzenie ludów łowiecko-zbierackich bez napływu rolników aż do 5000 lat przed teraźniejszością. Pochodzenie stepowe kultury jamnej ukształtowało się z 65% ludów łowiecko-zbierackich ze środkowego Donu oraz 35% ludów łowiecko-zbierackich z Kaukazu. Łowcy-zbieracze ze środkowego Donu nosili w sobie wczesną domieszkę kaukaską datowaną na 8300 lat temu. Pochodzenie stepowe rozprzestrzeniło się po Europie w ciągu 1000 lat, zastępując neolitycznych rolników. Kultura ceramiki sznurowej powstała w wyniku mieszania się ludów stepowych z kultury jamnej wyłącznie z rolnikami kultury amfor kulistych. Zachodnie grupy ludzkie wywodzą się ze źródeł południowoeuropejskich, a wschodnie z syberyjskich źródeł z domieszką ANE. Skandynawia została dotknięta trzema odrębnymi falami grup ludzkich z południowej Danii, południowo-wschodniej i północno-zachodniej Rosji. Grupy ludzkie z Półwyspu Iberyjskiego wymieszały się z pochodzeniem grup ludzkich z południowo-wschodniej Europy około 8200 lat temu. Grupy ludzkie ze wschodniego Bałtyku, Ukrainy i zachodniej Rosji utrzymywały się w niezmienionej postaci przez tysiąclecia. Neolityczni rolnicy z Danii nosili do 25% nielokalnego pochodzenia zachodnich grup ludzkich. Migracje stepowe zakończyły się wielkim podziałem, zalewając wschód pochodzeniem Yamnaya. Syberyjski step leśny utworzył neolityczny klina z zachodniosyberyjskich, północno-wschodnioazjatyckich i paleosyberyjskich haplogrup. Kultura Okunevo wywodziła się z haplogrup stepu leśnego oraz pochodzenia stepowego Afanasievo około 4600 lat temu. Po 3700 latach temu na stepie syberyjskim nastąpił gwałtowny napływ pochodzenia stepowego i rolników GAC, zastępujący miejscową ludność. Starożytne grupy wykazywały większe zróżnicowanie genetyczne niż współcześni Europejczycy z powodu izolacji. Haplogrupy Y z kultury jamnej nie pokrywają się z późniejszymi Europejczykami, co wskazuje na nierozstrzygnięte pochodzenie w linii męskiej.