Neandertalczycy zgromadzili o 40% większy ładunek szkodliwych mutacji niż ludzie z powodu wąskiego gardła populacyjnego. Osoby spoza Afryki odziedziczyły po neandertalczykach słabo szkodliwe allele, które obniżają kondycję genetyczną o co najmniej 0,5%. Afrykanie mają mniejszy ładunek mutacji bez domieszki neandertalskiej. DNA neandertalczyków uległo zubożeniu w pobliżu genów w wyniku selekcji przeciwko szkodliwemu ładunkowi, a nie epistazy. Początkowa domieszka neandertalczyków do 10% została w większości wyeliminowana w ciągu pierwszych 20 pokoleń, jeśli występowały efekty addytywne. Mutacje recesywne powodują pozytywną selekcję haplotypów neandertalczyków, maskując recesywne geny ludzkie. Sprawność neandertalczyków wynosi 0,63 w stosunku do ludzi, jeśli jest addytywna, i 0,39, jeśli jest recesywna. Mutacje słabo szkodliwe o s=5e-5 do 2e-3 nagromadziły się w większym stopniu u neandertalczyków. Wąskie gardło związane z wyjściem z Afryki oraz domieszka neandertalczyków zmniejszają kondycję genetyczną populacji pozaafrykańskiej o 1%. Obciążenie neandertalczyków wyjaśnia wzorce zubożenia genomu bez niezgodności reprodukcyjnych. Denisowianie prawdopodobnie wywarli podobny wpływ na Azjatów i mieszkańców Oceanii o domieszce genetycznej. Eksom neandertalczyków wykazuje słabszą selekcję oczyszczającą niż u ludzi. Wąskie gardło trwało u neandertalczyków 10 razy dłużej. Ocalałe allele neandertalczyków wpływają bardziej na cechy poligeniczne niż na choroby mendlowskie. Heterosis wynikający z efektów recesywnych zwiększył domieszkę z 1% do 3% w miarę upływu czasu. Selekcja tła zmniejsza pochodzenie neandertalczyków o ponad 1 Mb wokół szkodliwych miejsc. Nadmierne słabe obciążenie u osób spoza Afryki utrzymuje się z powodu powszechnych wariantów.