Ludzki mózg zawiera 86 miliardów neuronów i biliony synaps na centymetr sześcienny kory mózgowej. Ludzki mózg pozostaje słabo poznany ze względu na niedobór wysokiej jakości tkanek pochodzących z sekcji zwłok. W największym amerykańskim banku mózgów dostępnych jest rocznie jedynie 40–50 mózgów z grupy kontrolnej. Atlas ludzkiego mózgu Allena (Allen Human Brain Atlas) przedstawia mapę ekspresji genów dla wszystkich genów i struktur w wielu kompletnych mózgach. Zawiera dane z mikromacierzy z 500 regionów anatomicznych na półkulę w trzech mózgach. Zapewnia ponad 100 milionów punktów danych mikromacierzy i 46 000 obrazów ISH. 84% ludzkich genów ulega ekspresji w jakimś miejscu mózgu. Wykorzystano obrazowanie MRI i DTI dla wszystkich mózgów. Badania ISH obejmują schizofrenię, autyzm, podkorę, korę mózgową i neuroprzekaźniki. Dane ujawniają 79% podobieństwa ekspresji genów między korą wzrokową myszy a człowieka. Atlas nadaje priorytet genom kandydującym w badaniach GWAS dotyczących chorób mózgu. Umożliwia przeniesienie wyników badań mózgu myszy na ludzi. Wspiera przewidywanie powiązań gen-fenotyp, takich jak podatność na napady padaczkowe. Bezpłatne narzędzia online obejmują przeglądarkę 3D, mapy cieplne, wyszukiwanie genów. Korzysta z nich 7 000 unikalnych użytkowników miesięcznie na całym świecie.