Afrykanie mają więcej jądrowego DNA pochodzącego od archaicznych homininów niż osoby spoza Afryki. Eurazjaci wykazują domieszkę neandertalską na poziomie 1–4% – Afrykanie jej nie posiadają, ale wykazują ślady domieszki archaicznej. Domieszkę archaiczną u Afrykanów szacuje się na 2–19% i pochodzi ona z nieznanych źródeł. Genomy Jorubów wykazują największe segmenty archaiczne. Mieszanka u Afrykanów datowana jest na 20 000–300 000 lat temu. Wystąpiło wiele zdarzeń introgresji archaicznej w populacjach afrykańskich. Grupy San i Pigmejów wykazują wyraźne oznaki archaiczności. Brak neandertalczyków u Afrykanów subsaharyjskich potwierdza model „Out-of-Africa”. Mieszanka archaiczna jest większa u Afrykanów zachodnich niż wschodnich. W Afrykanach występują archaiczne linie rodowe bliższe ludziom niż neandertalczykom. Selekcja w mniejszym stopniu zredukowała archaiczne allele u Afrykanów. Chromosom Y i mtDNA nie wykazują sygnałów archaicznych, w przeciwieństwie do autosomów. Różnorodność populacji subsaharyjskich ukrywa głębszy wkład archaiczny.