Glifosat hamuje bakteryjny szlak szikimowy, który nie występuje u ludzi. Bakterie komensalne posiadają wrażliwe enzymy EPSPS klasy I. Patogeny oportunistyczne często mają odporne enzymy EPSPS klasy II. Narażenie na glifosat sprzyja rozwojowi patogenów, takich jak E. coli i S. aureus. Glifosat ogranicza liczbę pożytecznych gatunków Lactobacillus. Glifosat zmniejsza liczbę mikroorganizmów wytwarzających maślan, takich jak Butyricicoccus. Dysbioza wywołuje stan zapalny poprzez IL-1β, IL-6, TNF-α. Wysoki poziom glifosatu w pszenicy północnoamerykańskiej wynika z suszenia przed zbiorami. 36,6% produktów zbożowych zawiera pozostałości glifosatu. Wczesna ekspozycja na glifosat zmienia mikrobiom noworodków. Adiuwanty GBH pogłębiają dysbiozę w stopniu większym niż sam glifosat. Narażenie na Roundup wiąże się z lękiem i depresją u myszy. Dysbioza sprzyja celiakii poprzez zmniejszenie liczby bakterii Rothia rozkładających gluten. Glifosat sprzyja zmianom w mikrobiomie związanym z otyłością. Badania wykorzystują nierealistycznie wysokie dawki, ignorując rzeczywistość żywieniową.