Haplogrupa R nie występuje w Afryce Subsaharyjskiej. Haplogrupa R rozprzestrzeniła się od wybrzeża Azji Południowo-Wschodniej do Eurazji i Australazji. Powstała 50 000–70 000 lat temu podczas południowej migracji z Afryki Wschodniej. Największa różnorodność wśród plemion i kast Azji Południowej wskazuje na autochtoniczne pochodzenie. Człowiek z Ust-Ishim na Syberii, żyjący 45 000 lat temu, posiadał bazalną haplogrupę R*. Znaleziono ją w starożytnych mumiach egipskich od okresu Nowego Państwa do epoki rzymskiej. R2 występuje w neolitycznym zachodnim Iranie. Bazalna haplogrupa R* występuje w Soqotri, północno-wschodniej Afryce i na Bliskim Wschodzie z niską częstotliwością. R0a jest powszechna na Półwyspie Arabskim i w Soqotri. HV występuje głównie w zachodniej Eurazji, na Bliskim Wschodzie i w Afryce Północnej. R5 szeroko rozpowszechniony na subkontynencie indyjskim, zwłaszcza w Madhya Pradesh. R8 najczęściej występuje we wschodnich Indiach wśród plemion austroazjatyckich, takich jak Munda. R9b dominuje w Azji Południowo-Wschodniej, w tym wśród Malajów i Indonezyjczyków. P charakterystyczny dla Sahulu, w tym Australii i Melanezji. U6 osiąga szczyt wśród berberów z Afryki Północnej i egipskich Koptów. Podklady R wyznaczają granice genetyczne poza Afryką.