Mężczyzna z Afontova Gora 2 należy do haplogrupy Y Q1a1. Afontova Gora 2 wykazuje większe pokrewieństwo genetyczne z rdzennymi Amerykanami z plemienia Karitiana niż z Chińczykami han. Afontova Gora 2 ma 1,9–2,7% pochodzenia neandertalskiego. Kobieta z Afontova Gora 3 należy do haplogrupy mtDNA R1b. Afontova Gora 3 ma 2,9–3,7% pochodzenia neandertalskiego. Afontova Gora 3 posiada najwcześniejszy znany allel rs12821256 odpowiedzialny za blond włosy. Allel ten powstał wśród ludów ANE, a następnie rozprzestrzenił się do Europy w wyniku migracji stepowych. Afontova Gora 2, 3 i Mal'ta 1 tworzą ścisłą grupę genetyczną Mal'ta. Linia Afontova Gora 3 wnosi większy wkład do współczesnych ludzi i jest bliższa rdzennym Amerykanom niż Afontova Gora 2. Mumie z Tarimu czerpią 72% pochodzenia od ANE podobnych do Afontova Gora 3. Mumie z Tarimu czerpią 28% pochodzenia od wczesnej epoki brązu z Bajkału. Mumie z Tarimu są najlepszymi przedstawicielami pleistocenicznych populacji ANE. Stanowiska Afontowa Gora to obozy myśliwskie na mamuty sprzed 18 000–12 000 lat. Afontowa Gora łączy się genetycznie i kulturowo z kulturą Mal'ta-Buret'. Morfologia zębów Afontowa Gora 3 różni się od innych Syberyjczyków, w tym Mal'ta.