Neandertalczycy posiadali wariant genu MC1R o sekwencji Arg307Gly, który zmniejszał aktywność receptora i jego ekspresję na powierzchni komórek. Wariant ten nigdy nie został wykryty w populacjach współczesnych ludzi. Osłabiona funkcja receptora MC1R powoduje u ludzi fenotypy jasnej skóry i rudych włosów. Wariant MC1R neandertalczyków nie wskazuje na znaczący przepływ genów do populacji współczesnych ludzi. Allele odpowiedzialne za jasną skórę zapewniały przewagę w walce o przetrwanie w Europie. Mutacje powodujące utratę funkcji receptora MC1R powodują jasną pigmentację u ssaków i ptaków. Ewolucja zbieżna w genie MC1R powoduje podobne zmiany koloru u niepowiązanych gatunków. Mutacje SLC24A5 i KITLG powodują jaśniejszą skórę u ludzi i ryb. Współcześni ludzie wykształcili jaśniejszą skórę niezależnie poprzez wiele genów po migracji z Afryki. Wariant pigmentacji neandertalczyków sugeruje selekcję na zmniejszoną ilość melaniny w Europie o niskim nasłonecznieniu. Warianty MC1R zmieniają reakcje na ból, potencjalnie pomagając w walkach terytorialnych. Neandertalczycy prawdopodobnie mieli jasną skórę pomimo afrykańskiego pochodzenia wczesnych hominidów. Dywergencja genetyczna w genie MC1R podkreśla różnice między neandertalczykami a współczesnymi ludźmi. Badania transfekcyjne potwierdzają, że gen MC1R neandertalczyków upośledza sygnalizację białka G. Geny odpowiedzialne za pigmentację zidentyfikowane u zwierząt bezpośrednio wyjaśniają zróżnicowanie koloru skóry u ludzi.