Haplotyp B006 stanowi 9% chromosomów X we wszystkich populacjach pozaafrykańskich. Haplotyp B006 praktycznie nie występuje u Afrykanów z regionu subsaharyjskiego, z wyjątkiem północnych krańców tego obszaru, gdzie pojawił się w wyniku przepływu genów. Haplotyp B006 pokrywa się z sekwencją neandertalską w 20 miejscach dys44, w tym w unikalnych allelach pochodnych. Haplotyp B006 występuje na całym świecie, w tym w izolowanych społecznościach rdzennych mieszkańców Australii. Mieszanie genetyczne miało miejsce przed lub na początku ekspansji poza Afrykę 80–50 tys. lat temu. Osoby spoza Afryki posiadają allele pochodzące od neandertalczyków, których nie ma u Afrykanów. Rozszerzony haplotyp B006 wykazuje wysoką częstotliwość alleli pochodzących od neandertalczyków. Haplotypy subsaharyjskie, takie jak B007, B010 i B012, nie wykazują zgodności z neandertalczykami. Haplotypy kosmopolityczne występują zarówno w Afryce, jak i poza nią, z wyjątkiem B006. Wkład neandertalczyków potwierdza ustalenia Green i in. z 2010 r. dotyczące genomów osób spoza Afryki. Wczesna mieszanka umożliwiła udaną kolonizację poza Afryką. B006 jest strukturalnie najbliższy przodkowi, posiadając jedynie cztery pochodne allele. Brak neandertalskiego mtDNA, ale potwierdzono mieszanie jądrowe. Głębokie podziały afrykańskie wyjaśniają podobieństwo neandertalskie poza Afryką jako alternatywę dla mieszania. Paleontologia wskazuje na niepokrywające się obszary osadnictwa neandertalczyków i Homo sapiens w Lewancie.