Mezmaiskaya 3 to samica neandertalczyka pochodząca z wczesnej warstwy 3 kultury mikokijskiej na wschodzie. Jej mtDNA wykazuje największe podobieństwo do Mezmaiskaya 1 i Stajnia S5000. Ci wczesni neandertalczycy są genetycznie odlegli od późniejszych neandertalczyków europejskich. Zmiana populacji zastąpiła wczesne gałęzie późnym kladem NL 47-39 tys. lat temu. Proponowane haplogrupy mtDNA neandertalczyków: NA – przodkowa, NE – wczesna, NM – specyficzna dla środkowej Europy, NL – późna. Mezmaiskaya 3 datowana jest na 96,7 tys. lat temu według zegara mtDNA. Wykazuje pierwszą heteroplazmię mtDNA u neandertalczyka w pozycji 8839. Dane jądrowe potwierdzają większe pokrewieństwo z Chagyrskaya 8 (17%) i Vindija (13%) niż z neandertalczykiem z Ałtaju. Haplogrupa NM ograniczona do Europy, nieobecna w Azji. Wczesna klada NA1 europejska, zastąpiona przez pochodzących z Azji potomków NA2. Późni neandertalczycy rozprzestrzenili się z Ałtaju do Europy. Ustalony wariant neandertalski 827G jest patogeniczny dla głuchoty u ludzi. Klad NA2 wykazuje selekcję adaptacyjną w genach ATP6 i ND1. Żadne poważne szkodliwe warianty mtDNA nie wyjaśniają zaniku neandertalczyków. Wschodni neandertalczycy z kultury Micoquian są specyficzni dla haplogrupy NM2 na Kaukazie. Zastąpienie rozpoczęło się pod koniec MIS 5 w północno-zachodniej Europie, a do Kaukazu rozprzestrzeniło się do MIS 3.