Afrykanie spoza regionu subsaharyjskiego odziedziczyli DNA neandertalczyków bezpośrednio w wyniku krzyżowania się populacji po opuszczeniu Afryki. Afrykanie z regionu subsaharyjskiego wykazują regiony genomowe podobne do neandertalskich, których pochodzenie nie jest jasne. Do 1% sekwencji neandertalskiej u Afrykanów z regionu subsaharyjskiego, posiadających niedawne pochodzenie spoza regionu subsaharyjskiego, pochodzi od migrantów z Lewantu/Afryki Północnej. Większość homologii neandertalskiej u Afrykanów z regionu subsaharyjskiego wywodzi się z exodusu AMH z Afryki 250 tys. lat temu, a domieszka neandertalska dała 6% pochodzenia AMH u neandertalczyków. Nastąpiło wiele migracji AMH poza Afrykę. Przepływ genów między neandertalczykami a AMH był dwukierunkowy. Regiony genomowe pozbawione introgresji neandertalskiej u AMH odpowiadają regionom pozbawionym AMH u neandertalczyków. Ubytek ten sygnalizuje szkodliwe interakcje między wariantami a tłem genetycznym. Takie wzorce wskazują na początkową specjację między neandertalczykami a AMH.