Haplogrupa S występuje wyłącznie wśród rdzennych mieszkańców Australii. Wykształciła się na terenie Australii 64 000–40 000 lat temu. Pochodzi z makrohaplogrupy N. TMRCA dla S wynosi 49–51 tys. lat temu. Podgrupa S1 powstała 53–32 tys. lat temu na terenie całej Australii. Podgrupa S2 powstała 44–22 tys. lat temu na terenie całej Australii. Starożytna S2b1c1 w Willandra Lakes 3000 lat temu. Próbki z NSW, QLD, NT, WA, VIC, TAS. Brak S poza rdzennymi Australijczykami. Drzewo filogenetyczne potwierdza australijskie pochodzenie. Potwierdza głęboką starożytność populacji aborygeńskiej. Podklady takie jak S1a1a w WA, QLD. S2b w Tasmanii. S5 w Australii Zachodniej. S6 w NSW. Wszystkie współczesne i starożytne próbki pochodzą od rdzennych Australijczyków. Brak wspólnej haplogrupy S z innymi rasami. Świadczy o izolacji genetycznej.