Wszyscy współcześni ludzie, w tym Afrykanie, mają neandertalskie korzenie. Ludzie spoza Afryki odziedziczyli około 2% neandertalskiego DNA po opuszczeniu Afryki. Nowa metoda IBDmix po raz pierwszy wykrywa neandertalskie korzenie u Afrykanów. Afrykanie wykazują wyższy poziom neandertalskiego DNA niż wcześniej szacowano. Europejczycy i Azjaci mają mniej więcej taki sam poziom pochodzenia od neandertalczyków. DNA neandertalczyków dotarło do Afrykanów poprzez starożytne migracje z Eurazji z powrotem do Afryki. Niektóre ślady neandertalczyków u Afrykanów wynikają z introgresji ludzkiego DNA do genomu neandertalczyków. Neandertalczycy i ludzie krzyżowali się około 50 000 lat temu. Wspólne pochodzenie z neandertalczykami sięga 500 000 lat temu. Metoda odróżnia starożytne wspólne pochodzenie od niedawnego krzyżowania się. Przeanalizowano ograniczoną liczbę próbek afrykańskich, ale wyniki pobudzają do dalszych badań. Afrykanie z regionu subsaharyjskiego byli wcześniej uważani za wolnych od neandertalczyków. Krzyżowanie się dało ludziom potencjalną przewagę nad neandertalczykami. Współcześni ludzie wyparli neandertalczyków, co doprowadziło do ich wyginięcia 40 000 lat temu.