Warstwa eLSA w Ishango, datowana na 25–20 tys. lat temu, zawiera ponad 100 szczątków ludzkich należących do łowców-rybaków-zbieraczy. Szczątki te wykazują większą różnorodność fenotypową niż współczesne populacje afrykańskie. Skamieniałości z Ishango wykazują większe podobieństwo w budowie ucha wewnętrznego do skamieniałości z całego świata pochodzących ze środkowego i wczesnego późnego plejstocenu niż do współczesnych Afrykanów. Kości długie wskazują na ograniczoną mobilność lądową wynikającą z zależności od środowiska wodnego. Odkrycia te pokrywają się z głęboką strukturą genetyczną Afrykanów z późnego plejstocenu. Pochodzenie ludzkości w Afryce wiąże się z wieloośrodkową ewolucją w różnych regionach. Mitogenom L0 z Afryki Południowej powstał około 200 tys. lat temu w wyniku izolacji na południe od Zambezi. Afrykanie z plejstocenu wykazują archaiczną morfologię, która utrzymała się aż do holocenu. Afryka Zachodnia wykazuje późną archaiczną domieszkę z sapiens. Afryka Wschodnia charakteryzuje się endemizmem i wysoką różnorodnością morfologiczną aż do holocenu. Khoisan reprezentują najgłębsze linie ludzkie z długotrwałą izolacją. Prehistoria Afryki charakteryzuje się rozdrobnionymi populacjami i adaptacjami regionalnymi. Współcześni Afrykanie wywodzą się ze zorganizowanych grup z plejstocenu, które żyły w izolacji. Żadna pojedyncza populacja afrykańska nie dała początek sapiens – rozdzieliło się wiele linii. Klimat napędzał rozprzestrzenianie się, ale utrzymywał podstruktury. Społeczność Ishango korzystała z technik połowowych, zapisów matematycznych i sezonowych stanowisk. Grubość czaszki sugeruje większą aktywność niż u współczesnych ludzi. Kisese II, wczesnoholoceniczni mieszkańcy Tanzanii, poszerzają zróżnicowanie morfologiczne. Ogólnie rzecz biorąc, afrykańskie skamieniałości odrzucają model jednolitego, niedawnego pochodzenia.