Pierwotna populacja współczesnych ludzi uległa zróżnicowaniu w Afryce 260 000 lat temu. Ludy Khoe-San reprezentują najdawniejsze rozgałęzienie ludzkości, jednak niedawne wymieszanie genetyczne utrudnia określenie rzeczywistego wieku. Afrykanie zachowali znacznie większą różnorodność genetyczną niż osoby spoza Afryki. Ludzie spoza Afryki wywodzą się z późniejszego wąskiego gardła populacyjnego i nie posiadają głębokiej różnorodności afrykańskiej. Skamieniałości z Jebel Irhoud, datowane na 220 000–380 000 lat temu, wykazują archaiczne czaszki, odmienne od współczesnych ludzi. Jebel Irhoud ma twarz częściowo podobną do współczesnej, ale brakuje mu kluczowych cech współczesnych, takich jak podbródek. Genetyczne pozostałości po archaicznych afrykańskich liniach rodowych mieszały się z współczesnymi Afrykanami jeszcze 20 000 lat temu. Wiele wymarłych archaicznych grup współistniało z wczesnymi współczesnymi ludźmi w Afryce. Homo naledi żył 236 000–335 000 lat temu obok przodków współczesnego człowieka. Afrykańskie pochodzenie tworzy splatającą się deltę rzeki z dominującym strumieniem ponad 90% i niewielkimi archaicznymi wkładami. Morfologia nie pozwala odróżnić przodków współczesnego człowieka od wymarłych gałęzi. Afryka subekwatorialna była miejscem złożonych interakcji homininów, w tym możliwego domieszania H. naledi.