Udział genów neandertalskich wynosi średnio 1,37% u Europejczyków i 1,64% u mieszkańców Azji Wschodniej. Mieszkańcy Azji Wschodniej wykazują o 19,6% wyższy poziom DNA neandertalskiego w porównaniu z Europejczykami. Model z jednym impulsem mieszania nie pasuje do danych dotyczących widma częstotliwości fragmentów. Model dwufazowy pasuje do danych z Azji Wschodniej z p=1 i danych z Europy z p=0,95. Model trójfazowy ma najwyższe prawdopodobieństwo a posteriori wynoszące 0,55 dla danych łącznych. Dodatkowe fale mieszania miały miejsce po rozdzieleniu się populacji europejskiej i wschodnioazjatyckiej. Rozcieńczenie przez bazalnych Eurazjatów nie jest główną przyczyną różnic między Europą a Azją Wschodnią. Złożone, długotrwałe krzyżowanie się ludzi z neandertalczykami na przestrzeni tysięcy lat. Genom z Ust-Ishim potwierdza mieszanie się populacji 52 000–58 000 lat temu. Osobnik z Peștera cu Oase wskazuje na niedawnego przodka neandertalskiego. Modele odrzucają selekcję oczyszczającą lub wielkość populacji jako wyjaśnienie luki w pochodzeniu. Klasyfikator oparty na uczeniu maszynowym preferuje model wielofalowy nad modelem jednofazowym lub modelem rozcieńczenia. Fragmenty neandertalskie analizowane co 100 kb w danych 1000 Genomes. Wyniki odporne na błędy identyfikacji fragmentów i błędną klasyfikację denisowczyków. Neandertalczycy mieli małą efektywną wielkość populacji, co sprzyjało jednolitemu źródłu mieszania. Różnice między wschodnią a zachodnią Eurazją odzwierciedlają zróżnicowany czas współistnienia z neandertalczykami.