Białka wyizolowane z czterech zębów P. robustus znalezionych w jaskini Swartkrans w RPA. Dzięki spektrometrii masowej zsekwencjonowano 400 aminokwasów z białek szkliwa zębów. Białko amelogenina-Y pozwala zidentyfikować dwa zęby należące do samców. Białka związane z chromosomem X pozwalają zidentyfikować dwa zęby należące do samic. Drzewo ewolucyjne wskazuje, że P. robustus jest odległy od Homo sapiens. Neandertalczycy, denisowianie i H. sapiens tworzą grupę bliższą sobie niż P. robustus. Dane dotyczące białek są najstarszymi, jakie kiedykolwiek uzyskano od homininów, i sięgają 2 milionów lat wstecz. Białka są bardziej odporne niż DNA w przypadku starożytnych skamieniałości. P. robustus żył 1,2–2 miliony lat temu w RPA. Technika ta analizuje sekwencje aminokwasów w celu zbudowania relacji między białkami odzwierciedlających ewolucję gatunków. Mniejsza zmienność białek u P. robustus ogranicza informacyjność drzewa. Dane te przesuwają zapisy genetyczne homininów dalej w czasie i przestrzeni. Trwa debata na temat przydatności białek do wyjaśnienia filogenezy homininów.