Chromosom Y przechodzi w niezmienionej postaci z ojca na syna bez rekombinacji. Haplogrupy ojcowskie wskazują na wspólnych, pradawnych przodków płci męskiej. Wszyscy żyjący mężczyźni wywodzą się od „Adama chromosomu Y” z Afryki. Haplogrupy powstały w wyniku migracji ludzi z Afryki do Eurazji i Ameryk. DNA chromosomu Y zachowuje zapis przetrwania linii ojcowskiej na przestrzeni ponad 200 000 lat. DNA autosomalne ulega szerokiemu wymieszaniu, ale DNA chromosomu Y podąża jedną bezpośrednią ścieżką. Haplogrupy wiążą się ze starożytnymi migracjami, adaptacjami i podbojami. Rolnictwo rozprzestrzeniło określone linie ojcowskie w Europie i Azji. Kobiety nie mogą bezpośrednio zbadać DNA chromosomu Y – potrzebują męskiego krewnego ze strony ojca. Analiza DNA chromosomu Y wykorzystuje drzewo ISOGG i zegar molekularny do precyzyjnego ustalenia osi czasu. Rozkład haplogrup odzwierciedla współczesne populacje dzielące starożytne linie. Y-DNA uzupełnia, ale nie zastępuje pochodzenia autosomalnego lub mtDNA. AncestryDNA i MyHeritage zaprzestały dostarczania danych Y-DNA po styczniu 2026 r. Potrzebne są dedykowane testy Y-DNA od dostawców takich jak FamilyTreeDNA lub 23andMe. Y-DNA ujawnia historię linii, a nie pełne pochodzenie ani informacje o zdrowiu.