PLINK 1.9 obsługuje pliki binarne .bed i automatycznie konwertuje inne formaty. Obsługuje dane wejściowe w formatach VCF, BCF, Oxford oraz 23andMe. Przeprowadza testy asocjacyjne typu przypadek-kontrola oraz dotyczące cech ilościowych. Oblicza częstotliwości alleli, brakujące wartości, zgodność z równowagą Hardy’ego-Weinberga (HWE) oraz pokrewieństwo. Wykonuje analizę PCA, klasteryzację, MDS oraz macierze odległości. Przeprowadza regresję logistyczną i liniową z uwzględnieniem zmiennych towarzyszących. Obsługuje testy epistazy oparte na zbiorach oraz metaanalizę. Generuje GRM do oszacowania dziedziczności. Filtruje według MAF, geno-mind i zakresów. Generuje raporty dotyczące LD, r, r2, bloków i skupisk. Prawidłowo obsługuje chromosomy X, Y i MT. Naprawia liczne błędy w scalaniu, filtrowaniu i regresji. Importuje dane dotyczące dawkowania do analizy asocjacyjnej. Eksportuje do wielu formatów, w tym VCF w formacie gzip. Zoptymalizowany pod kątem wielowątkowości i dużych zbiorów danych.